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画火山图

火山图（Volcano Plot）是做RNA-Seq分析的时候特别常用的一张图，因为它可以非常清晰的展示出哪些基因是我们真正想要的显著性的基因。

第一步：先画出火山的轮廓。用铅笔在纸上画一个三角形，代表火山的主体。确定火山的大小和位置，并确保三角形的上方较狭窄，下方较宽。第二步：在三角形的顶部画一个小圆形，代表火山口。

先画出主火山的外轮廓，注意画出火山喷发是山尖的一些熔浆的效果。然后画出火山山体的一些细节部分。接着画出火山旁边的一座小火山。然后画出山脚下的树林，可以用简单的弧线来代替。

火山图（volcano plot） 是散点图的一种，它将统计学中的显著性度量和变化幅度相结合，从而能够帮助我们快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的对象。

火山爆发的画法：画一条线作为火山顶、绘制岩浆、营造岩浆喷溅出来的样子、涂上颜色。首先在画一条形成火山口的线作为火山的最顶部。绘制一些流出来的熔浆，包裹着火山口。

RNA-seq比对到转录组

1、如果有注释较好的参考基因组的物种，可以直接将RNA-SEQ的数据比对到基因组上，也可以比对到从基因组注释出来的基因上，或者先比到基因组上再预测基因（也就是经典的tophat-cufflinks-cuffdiff流程）。

2、RNA-seq即转录组测序技术，就是用高通量测序技术进行测序分析，反映出mRNA，smallRNA，noncodingRNA等或者其中一些的表达水平。

3、RNA-Seq即对转录组进行测序和分析。一般来说在研究所会委托公司测序得到数据自己进行后续的生信分析（质控，mapping，差异基因表达分析，SNV分析等）。RNA-Seq有着巨大的应用前景。

4、在RNA-seq文库中，对于一些转录本来说， 重复率是比较高的，这是因为它们在样本中的的表达水平比较高，同时低表达的转录本，重复率很低。

5、TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具，它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。

6、测序数据分析前需要经过数据预处理，并检查数据GC含量、序列重复成俗、是否存在接头等。在质控后，再质检一次，对比看看有什么不同。

tophat软件比对-实战(2018-05-29)

Tophat/Tophat2工具本身不能进行比对，它是通过调用bowtie/bowtie2进行比对的。划重点，bowtie2不是bowtie的升级版，但是Tophat2是Tophat2的升级版。

RNA-seq的reads mapping要考虑剪切比对，用到了tophatstar和Hisat2，这3个目前使用最频繁的比对工具。

基于比对的流程，比对工具也有很多选择，如Hisat，STAR，Tophat(hista可以替代tophat)，bowtie等， 还有据说速度超快的Subread。

CHIP-seq： BowtieBWA用的比较多 RNA-seq： Tophat、Bsmap 甲基化：BS-seeker global---NW local--SW 好处是能够穷举出所有的比对情况，所以可以选择全局最优的结果；最大的缺点是比对的非常慢。

对。_NA测序并不能直接使用DNA测序常用的BWA、Bowtie等比对软件，这是由于真核生物内含子的存在，导致测到的reads并不与基因组序列完全一致（如下图所示），因此需要使用TophatHISATSTAR等专门为RNA测序设计的软件进行比对。